På många orter finns ett ekumeniskt samarbete i skolarbetet och kyrkornas insats i skolan är omfattande. Programmet startar 2007 och har tidigare bedrivits i projektform av Sveriges Frikyrkosamråd på ekumenisk delegering ifrån SKR.

De övergripande målen för programmet är:
 

• Samordna och utveckla kyrkornas kyrka — skola arbete
• Ansvara för ekumeniska mötesplatser, utbildning och nätverk för kyrkornas skolarbete
• Bevaka utbildningsområdet samt ansvara för dialog med Utbildningsdepartementet, Skolinspektionen, Skolverket och Myndigheten för specialpedagogik i skolpolitiska frågor och i frågor som rör relationen kyrka — skola
• Vara aktiva opinionsbildare i skolfrågor
• Utveckla dialog och samarbete med företrädare för andra religioner och organisationer med intresse för skola och skolpolitiska frågor, nationellt och internationellt