Årsmötet är Sveriges kristna råds högsta beslutande organ. Vid årsmötet är alla medlemskyrkor representerade i förhållande till sin storlek. Årsmötet består av drygt 60 ledamöter.

Styrelsen består av tolv ledamöter och personliga ersättare till dessa. Platserna i styrelsen och dess presidium är fördelade mellan de fyra kyrkofamiljerna. Ordförandeskapet i Sveriges kristna råd cirkulerar med ettårs-intervaller mellan presidiemedlemmarna från de olika kyrkofamiljerna.

SKR:s kansli verkställer styrelsens beslut och samordnar rådets verksamhet. Kansliet leds av generalsekreteraren och till sin hjälp har hon ledningsgruppen. På kansliet finns projektansvariga, tjänster för kommunikation, administration och ekonomi. Ett 20-tal referens- och arbetsgrupper finns knutna till Sveriges kristna råd. En viktig del i detta arbete är samordnarna.