Sedan Fredskulturprogrammets etablerandes 2002 har SKR arbetat metodiskt för att förankra och tematiskt fokusera ett ekumeniskt fredsarbete. Förankringen av fredsarbetet inom SKR sker dels genom personliga möten och deltagande av SKRs personal i olika arbetsgrupper och nätverk. SKRs styrelse och arbetsutskott är också viktiga arenor för en bred kyrklig förankring. Dessutom finns en referensgrupp till Fredskulturprogrammet som träffas cirka fyra gånger per år.

Referensgruppen består av en representant vardera från den lutherska kyrkofamiljen, från frikyrkofamiljen , från de ortodoxa kyrkorna, från den katolska kyrkan, från Liv & Fredinstitutet i Uppsala, från Svenska Missionsrådet, från KRISS samt en representant från Kristna Fredsrörelsen.