Verksamheten leds av styrelsen som väljs av rådsförsamlingen. Styrelsen består av 15 ledamöter och suppleanter. Platserna i styrelsen, dess presidium och arbetsutskott är fördelade mellan de fyra kyrkofamiljerna. Ordförandeskapet i SKR cirkulerar med ettårsintervaller mellan presidiemedlemmarna från de olika kyrkofamiljerna.
Sveriges Kristna Råds kansli
SKR:s kansli verkställer styrelsens beslut och samordnar rådets verksamhet. Kansliet leds av generalsekreteraren.
I kansliet finns kärnområdesansvariga, samordnare för den frikyrkliga och den ortodoxa kyrkofamiljen, program- och projektansvariga, tjänster för information, administration och ekonomi.
När knutet till SKRs kansli finns också Sveriges Frikyrkosamråds kansli.